本文最后更新于：2022年12月11日晚上

背景

配置文献阅读软件Zotero和Obsidian，实现Zotero文献链接到笔记，Obsidian中的笔记链接到文献中去。

准备工作

安装Zotero和Obsidian

先去Zotero官网下载Zotero安装包安装 https://www.zotero.org/download/
再去Ob官网下载安装Ob https://www.zotero.org/download/

Zotero安装Better Bibtex 插件和MarkDBConnect插件

upload successful

Better Bibtex插件在 https://zotero-chinese.gitee.io/zotero-plugins/#/ 可以找到，这是一个xpi插件的中文网站，还有一些其他的插件，包括翻译，期刊影响因子，附件管理等等，大家自行探索。
MarkDBConnect插件可以在github下载 https://github.com/daeh/zotero-markdb-connect
下载完Xpi文件后安装

upload successful

安装完成后进行下一步

Obsidian安装BibNotes Formatter (for Zotero)

Obsidian安装完成后无法直接安装第三方插件，需要在设置中将安全模式关闭
关闭后从github下载插件的压缩包文件https://github.com/stefanopagliari/bibnotes/releases
下载完成后将插件整个文件加内容解压到文件夹 你的OB目录/.obsidian/plugins 中
打开Obsidian，在设置-第三方插件中启用该插件

Zotero与Obsidian联动设置

完成了准备工作后，我们开始设置Zotero与Ob的联动。首先需要明白的是，Zotero与Ob之间的联动是通过citekey来进行的，因此我们首先需要生成包含citekey的全部文献目录的JSON文件，再将该文件目录列表导入Ob后创建所需文献的笔记内容，最后在Zotero索引生成的笔记进行联动。

Zotero设置

生成BetterBibTex JSON

在Zotero中，点击文件-导出文献库
格式选择BetterBibTex JSON。这里将导出笔记和保持更新的复选框选中。为了不产生冗余文件，我们不选择导出文件。
upload successful
点击OK后选择导出的目录位置，并记住这个文件位置，稍后将会用到。

配置BetterBibTex插件

点击编辑-首选项
在这个位置你可以看到你导出的JSON文件的位置以及状态
可以配置citekey的格式
也可以配置在JSON文件中哪些字段选择不导出
其他配置可以先不管

配置MarkDBConnect

点击工具，选择
配置你存放Zotero笔记的目录，并选择默认的文件过滤规则。然后配置使用citekey匹配笔记文件。
其他配置不需要改动

Obsidian设置

配置BibNotrs Formatter

在设置中找到插件
配置刚才导出的JSON文件的位置，由于我是导入到OB库里面了，所以是相对路径。
配置笔记的导出目录，这个目录要与MarkDB配置中笔记的目录一致。
配置生成笔记的模板，这里我们选择自定义模板

下面是我的模板内容，大家可以参考。

---
#number headings: auto, first-level 2, max 6, 1.1
tags: 文献阅读笔记 
title: {{title}}
date: {{year}}
authors: {{author}}
publication : {{publicationTitle}}
---

---
# {{title}}
# {{shortTitle}}
---

---
## Metadata
- CiteKey: {{citekey}}
 - Type: {{itemType}}
 - Title: {{title}}, 
 - Author: {{author}}, 
 - Year: {{year}} ;
- Journal: {{publicationTitle}}, 
- Pages: {{pages}}
- Publisher: {{publisher}},
- Location: {{place}},
- DOI: {{DOI}}
------

## Files and Links
- Url: Open online
- zotero entry: {{localLibrary}}
- open pdf: {{file}}

- Keywords: {{keywordsAll}}

## Abstract
{{abstractNote}}

----

## Comments
{{UserNotes}}
### 我为什么要读这篇文章

### 作者试图解决什么问题

### 作者是如何解决的

### 论文中有哪些内容可以“为你所用”

### 作者有哪些不足或者可以提高的

### 有哪些参考文献你想继续研究

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## Extracted Annotations
{{PDFNotes}}
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## Summary

## Research Objective(s)

## Background / Problem Statement

## Method(s)

## Evaluation

## Conclusion

## Notes

配置图片的导入路径。这里我选择将图片导入到Ob库中，因为这样我可以在手机或ipad阅读。当然你可以不选择复制图片到ob库中，那么此时导入的图片链接是Zotero数据目录的图片连接。

开始联动

在Ob中生成笔记

任一界面中按下Ctrl+P，输入命令bibnotes，选择创建笔记
输入你要选择生成笔记的citekey、文献名称、作者等搜索对应的文献
选择文献后，将在笔记目录生成一条名为@citekey的新md文件
打开该Md文件，你会发现文件已经按照模板内容生成完毕，此时你可以编辑文件中的内容，填写相应的笔记了。而且目录中的文件都是双向链接，你可以点击openpdf的链接打开该文献。